Depois de seus estudos de fenomenologia se dedicou à pesquisa da história da ciência moderna, onde produziu trabalhos que o conceituaram.
Alexandre Koyré leu Boehme e Copérnico, Galileu e Descartes, Kepler e Newton, e muitos outros, buscando entender o que eles queriam pensar, por meio de uma descrição fenomenológica dos atos de seu pensamento, inseridos em uma estrutura de longo prazo. Ele analisou a interação entre história e estrutura em dois livros, um para um público amplo, Du Monde clos à l'Univers infini, e o outro mais técnico, Chute des corps et Mouvement de la Terre de Kepler à Newton, esboçando a articulação temporal de algumas de suas monografias. Ao manter todas elas, tornou-se possível reconstruir a história do pensamento koyréano na era clássica. (Gérard Jorland)